Tras su regreso, Facu continuó jugando para el equipo como tercera o cuarta opción de Pablo Laso, llevándolo a jugar poco tiempo y, más tarde, a ser cortado para los playoffs de la liga. Se formó en La Masia, la famosa cantera del club, antes de debutar con el primer equipo a los 17 años, a finales de 2004. Su primer gol llegaría el 1 de mayo de 2005 contra el Albacete, en el Nou Camp.
