La primera temporada de Kovač no empezó muy bien, ya que el Bayern se quedó atrás del Borussia Dortmund en la liga durante la primera mitad de la temporada. El Bayern logró que el nombre, el escudo del club, y la camiseta blanca se mantuvieran, sin embargo, debieron utilizar pantalones cortos de color rojo oscuro. En sus inicios el escudo constaba de una bandera de asta dorada que mezclaba, con un diseño de líneas que se entrelazaban, camiseta nba las iniciales del club (FCB).